【2026年10月1日改定】入管の手数料はいくらになる？在留資格変更・更新・永住許可と手数料納付書を詳しく解説

2026年10月1日から、出入国在留管理庁に支払う在留許可手数料が大きく変わります。対象となるのは、在留資格変更許可、在留期間更新許可、永住許可などです。これまで在留資格変更許可と在留期間更新許可は、許可される在留期間にかかわらず一律の手数料でした。しかし、改定後は許可された在留期間に応じて金額が変わる段階制となり、長い在留期間を許可された場合ほど納付額が高くなります。

特に注意したいのは、改定後の金額が適用されるかどうかを判断する基準です。「2026年10月1日以降に許可を受けたか」ではなく、原則として2026年10月1日以降に申請が受け付けられたかで決まります。2026年9月30日までに受付が完了した申請は、許可日が10月1日以降になっても改定前の手数料が適用されます。

また、窓口申請とオンライン申請では、金額だけでなく納付方法も異なります。窓口で申請した場合は、許可時に手数料納付書へ必要額の収入印紙を貼って提出する運用が基本です。一方、2026年10月1日以降にオンラインで申請した手続は、従来の収入印紙による納付から、指定された決済代行事業者を通じたコンビニ決済または銀行決済へ変わります。

この記事では、2026年10月1日からの入管手数料改定について、対象となる申請、新旧金額、手数料納付書の準備、オンライン申請の決済方法、企業が外国人従業員の更新を支援するときの注意点を、具体例を交えて解説します。

2026年10月1日から変わる入管手数料の全体像

今回の改定で最も大きな変更は、在留資格変更許可と在留期間更新許可の手数料が、許可された在留期間ごとの段階制になることです。2026年9月30日までに受け付けられた申請では、窓口申請は6,000円、オンライン申請は5,500円が基本でした。改定後は、3月以下から5年以上までの区分に分かれます。

ここでいう在留期間は、申請者が希望した期間ではなく、審査の結果として実際に許可された期間です。たとえば、更新申請で「5年」を希望しても、結果が「1年」であれば、1年の区分に対応する手数料を納付します。申請時点では最終的な納付額が確定しない点に注意が必要です。

窓口申請における改定後の基本額は、3月以下が10,000円、3月を超え6月以下が18,000円、6月を超え1年未満が25,000円、1年が33,000円、1年を超え3年未満が48,000円、3年以上5年未満が64,000円、5年以上が75,000円です。永住許可は200,000円へ改定されます。

オンライン申請は窓口申請より手数料本体が低く設定されていますが、別途、指定決済代行事業者への決済手数料がかかります。コンビニ決済と銀行決済のどちらを選んでも、決済手数料が必要です。

窓口申請の新旧手数料を比較

在留資格変更許可と在留期間更新許可について、2026年10月1日以降に窓口で受け付けられた申請の基本額を整理すると、次のとおりです。

従来は許可期間が1年でも5年でも同額でしたが、改定後は結果によって大きな差が生じます。たとえば、技術・人文知識・国際業務の更新で3年を許可された場合、窓口申請の手数料は64,000円です。従来の6,000円と比べて58,000円増えるため、本人だけでなく、費用を負担する企業も予算を見直す必要があります。

なお、「3年以上5年未満」には3年が含まれ、「5年以上」には5年が含まれます。「1年超3年未満」は、1年より長く3年に満たない期間の区分です。一般的な就労資格では1年、3年、5年などが付与されるケースが多いため、実務上は33,000円、64,000円、75,000円の区分が重要になります。

オンライン申請の手数料と決済手数料

2026年10月1日以降にオンラインで受け付けられた在留資格変更許可・在留期間更新許可の手数料は、次のとおりです。表示した合計額には決済手数料が含まれます。

オンライン申請は、同じ許可期間で比べると窓口申請より手数料本体が低くなります。たとえば、3年の在留期間を許可された場合、窓口申請は64,000円、オンライン申請は決済手数料を含めて56,550円です。差額は7,450円になります。

ただし、オンライン申請では従来のように収入印紙を購入して手数料納付書へ貼る方法ではありません。審査完了メールとは別に、指定決済代行事業者から決済案内メールが届き、その案内に従ってコンビニ決済または銀行決済を行います。クレジットカード決済やQRコード決済には対応していません。

決済案内は「@service-dgft.com」のドメインから送られます。出入国在留管理庁は、このドメイン以外から納付を求めるメールは詐欺であると注意喚起しています。メールに記載されたリンクを開く前に、送信元のドメインを必ず確認してください。企業の担当者や申請取次行政書士がオンライン申請を管理する場合は、迷惑メールの設定や受信許可も事前に確認しておく必要があります。

実務への影響｜行政書士への依頼時点では手数料を確定できない

2026年9月30日までに受け付けられる申請では、在留資格変更許可と在留期間更新許可の手数料は、窓口申請が6,000円、オンライン申請が5,500円と決まっていました。そのため、専門の行政書士へ申請を依頼する場合も、申請方法が窓口かオンラインかを決めれば、行政書士報酬とは別に必要となる入管の法定手数料をあらかじめ案内できました。

しかし、2026年10月1日以降に受け付けられる申請では、窓口かオンラインかだけでは最終的な手数料が決まりません。審査の結果として実際に許可された在留期間によって法定手数料が変わるため、許可が下りるまでは正確な納付額が分からないという状況が生じます。

たとえば、在留期間更新許可申請（現在の在留資格のまま日本に滞在できる期間を延長する手続）で5年を希望し、行政書士がオンライン申請を行ったとします。5年が許可されれば手数料本体は65,000円ですが、結果が3年であれば56,000円、1年であれば27,000円です。いずれの場合も別途決済手数料が加わります。申請前に「5年を希望したから65,000円」と確定することはできません。

窓口申請でも同様です。5年を希望しても1年の許可であれば33,000円、3年の許可であれば64,000円、5年の許可であれば75,000円となります。行政書士が適切な資料を作成して申請しても、最終的な在留期間は入管の審査によって決定されます。行政書士が特定の在留期間を保証することはできません。

このため、行政書士へ依頼する際の見積書や契約書では、次の二つを分けて確認することが大切です。

• 申請書類の作成、内容確認、申請取次などに対する行政書士報酬
• 許可時に国へ納付する法定手数料と、オンライン申請に伴う決済手数料

法定手数料については、「実費として許可後に確定する」「許可された在留期間に応じて別途請求する」などの記載になることが考えられます。行政書士へ支払う着手金や報酬に、改定後の入管手数料が含まれていると誤解しないよう、契約前に費用の内訳を確認してください。

企業が複数の外国人従業員の申請を依頼する場合は、さらに注意が必要です。同じ日に、同じ在留資格で、同じ会社に勤務する複数名を申請しても、それぞれ異なる在留期間が許可される可能性があります。その場合、人数だけで法定手数料の総額を計算することはできません。予算編成では一定の幅を持たせ、許可後に本人ごとの期間と納付額を照合する運用が必要です。

行政書士への相談時には、希望する在留期間だけでなく、過去に許可された期間、転職や職務変更の有無、雇用契約の期間、勤務先の状況、納税・社会保険の状況などを共有してください。これらは許可期間を確約するものではありませんが、申請内容を正確に整理し、審査上の確認事項へ備えるために重要です。

手数料納付書はいつ、どのように提出するのか

窓口申請で許可を受ける場合、一般に、入管から許可通知や結果受取の案内が届いた後、必要な金額の収入印紙を用意し、手数料納付書へ貼付して提出します。申請時に手数料を前払いするのではなく、許可時に納付する点が基本です。不許可の場合は、許可手数料を納付する手続には進みません。

手数料納付書には、申請人の国籍・地域、氏名、申請の種類などを記載します。収入印紙は、許可された在留期間に対応する金額になるように準備します。2026年10月1日以降の申請では、申請時に希望した在留期間だけを見て先に収入印紙を購入すると、結果と金額が合わないことがあります。必ず許可結果と入管の案内を確認してから購入してください。

たとえば、5年を希望して更新申請をしたものの、実際の許可期間が1年だった場合、窓口申請の手数料は75,000円ではなく33,000円です。反対に、1年を希望した申請で3年が許可された場合は、3年以上5年未満の64,000円が必要になります。希望期間と許可期間を混同しないことが大切です。

収入印紙と都道府県が発行する収入証紙は別のものです。入管の手数料納付書に使用するのは、国に納付するための収入印紙です。誤って収入証紙を購入しないよう注意してください。また、手数料納付書へ署名を求められる場合や、在留カード、旅券、通知書などの持参が必要になるため、受取案内の記載を確認します。

オンライン申請の場合、2026年10月1日以降の申請分はコンビニ決済または銀行決済へ移行するため、原則として手数料納付書へ収入印紙を貼る方法ではありません。オンラインで申請したのに、従来の運用を前提として収入印紙を購入しないようにしてください。

改定後の金額は申請日と許可日のどちらで決まるのか

改定の適用を判断する基準は、原則として入管が申請を受け付けた日です。次の二つの例を比べると分かりやすくなります。

1. 2026年9月30日に更新申請が受け付けられ、10月20日に許可された場合は、改定前の手数料が適用されます。
2. 2026年10月1日に更新申請が受け付けられ、10月20日に許可された場合は、改定後の手数料が適用されます。

つまり、「9月中に許可されなければ新料金になる」という理解は誤りです。9月30日までに受付が完了していれば、許可や在留カードの受取が10月以降になっても旧料金となります。

一方、書類を発送した日やオンライン申請の準備を始めた日だけでは判断できません。郵送が認められる個別の手続やオンライン申請では、システム上・入管上の受付日を確認する必要があります。9月30日の深夜や締切直前に操作し、通信障害や入力不足によって受付が10月1日になれば、新料金の対象となる可能性があります。

また、在留期間更新許可申請は、原則として在留期限のおおむね3か月前から可能です。手数料を抑えるためだけに不正確な内容で急いで申請することは避けるべきです。転職、職務変更、勤務先の状況、税・社会保険の資料など、審査に必要な情報を正しく整理したうえで提出します。

永住許可の手数料は20万円へ

永住許可の手数料は、2026年9月30日までに受け付けられた申請では10,000円でした。2026年10月1日以降に受け付けられた申請では200,000円となり、特に大きな改定です。

永住許可申請も、申請時ではなく許可時に手数料を納付するのが基本です。ただし、どの料金が適用されるかは受付日で決まります。2026年9月30日までに永住許可申請が受け付けられていれば、許可が10月以降になっても改定前の10,000円が適用されます。10月1日以降に受付された申請で許可を受ける場合は、改定後の200,000円が必要です。

永住許可の審査中に現在の在留期間が満了する場合、永住許可申請をしているだけでは現在の在留期限は延長されません。必要に応じて、別途、在留期間更新許可申請を行う必要があります。この場合、永住許可と更新許可は別の手続であり、それぞれ許可されたときに所定の手数料が必要になります。

永住申請を検討しているからといって、要件や資料の確認を省略して9月末までに形式的に提出することは適切ではありません。納税、公的年金、公的医療保険、在留状況、身元保証などを確認し、申請時点で必要な資料を整えます。期限直前に不足書類が判明すると、結果的に受付が10月以降になる可能性もあります。

再入国許可と就労資格証明書はどうなるのか

再入国許可と就労資格証明書の交付は、オンライン申請における手数料本体は今回の案内上変更されていません。ただし、2026年10月1日以降にオンラインで申請した場合は、指定決済代行事業者への決済手数料が加わります。

再入国許可と、出国時に利用できる「みなし再入国許可」は同じ制度ではありません。出国期間、在留期限、再入国の予定によって必要な手続が異なります。手数料だけで判断せず、出国前に利用できる制度を確認してください。

就労資格証明書は、外国人が行うことのできる就労活動を法務大臣が証明する文書です。転職のたびに必ず取得しなければならないものではありませんが、新しい勤務先での職務が現在の在留資格に該当するかを確認したい場合などに利用されます。証明書を取得しても、在留期限が延びるわけではない点にも注意が必要です。

減額・免除の制度とオンライン申請の注意点

2026年10月1日以降の制度では、経済的困難その他の特別な理由があり、政令で定める対象者に該当する場合、在留許可手数料を減額または免除できる仕組みが設けられています。

減額対象となる在留資格変更許可・在留期間更新許可で、3月を超える在留期間が決定された場合は、実際に納付する手数料を10,000円まで減額できるとされています。永住許可では20,000円まで減額できる仕組みです。ただし、単に手数料の負担が大きいというだけで自動的に減額されるものではありません。対象者の要件を満たし、経済的困難などを示す資料を提出する必要があります。

重要なのは、在留申請オンラインシステムが減額措置に対応していない点です。減額対象であることを示す資料を提出して制度の利用を希望する場合は、窓口で在留諸申請を行う必要があります。オンライン申請の方が通常の手数料は低くても、減額措置を利用できないため、本人の状況に応じて申請方法を選ぶ必要があります。

外交・公用など一定の在留資格や活動については、免除措置の対象となる場合があります。減額・免除の可否は、在留資格名だけで一律に判断せず、最新の対象要件と必要資料を確認してください。

外国人を雇用する企業が見直すべきこと

外国人従業員の在留期間更新費用を会社が負担している場合、今回の改定は人事・総務の予算に直接影響します。たとえば、10人の外国人従業員について3年の更新が許可され、会社が窓口申請の手数料を全額負担する場合、手数料だけで合計640,000円になります。従来の合計60,000円から大きく増えます。

オンライン申請を利用した同じ例では、3年の許可1人あたり56,550円、10人で565,500円です。窓口申請より低いものの、従来の水準と比べれば大幅な増加です。採用時に会社負担と本人負担のどちらにするか、社内規程や雇用条件で整理しておくことが重要になります。

会社が費用を負担するときは、行政書士への報酬と入管へ納付する法定手数料を分けて管理します。今回改定されるのは、許可時に国へ納付する手数料です。申請書類の作成、オンライン申請の取次、勤務先変更に伴う適合性の確認などを行政書士へ依頼する費用とは別です。

また、許可期間は本人の希望だけで決まらないため、更新手数料を事前に一律で確定させることが難しくなります。予算を立てる際は、在籍する外国人の在留期限、在留資格、過去に許可された期間、更新予定月を一覧化し、一定の予備費を見込むと安全です。

申請前から許可受取までの実務フロー

改定後の手数料で混乱しないため、申請から許可受取までを次の順序で管理します。

1. 在留期限と申請可能時期を確認する。
2. 在留資格変更か在留期間更新か、必要な手続を判断する。
3. 窓口申請とオンライン申請のどちらを利用するか決める。
4. 申請人、勤務先、扶養関係、税・社会保険などの必要資料を集める。
5. 2026年9月30日以前か10月1日以降か、実際の受付日を記録する。
6. 審査中に追加資料の依頼が届いたら期限内に対応する。
7. 許可結果と、実際に許可された在留期間を確認する。
8. 窓口申請は対応額の収入印紙と手数料納付書を準備する。
9. オンライン申請は指定ドメインから届く決済案内を確認する。
10. 決済・受取を終え、新しい在留カードの記載内容を確認する。

企業で複数名を管理する場合は、申請日、受付番号、在留期限、許可結果、納付額、費用負担者、在留カード受取日を台帳へ記録すると、次回更新の準備がしやすくなります。

よくある質問

9月中に申請して、10月に許可された場合はいくらですか？

2026年9月30日までに入管で受付が完了した申請は、許可が10月1日以降になっても改定前の手数料が適用されます。判断基準は原則として許可日ではなく受付日です。

5年を希望して申請したら、5年分の手数料を払うのですか？

希望期間ではなく、実際に許可された在留期間に対応する金額を納付します。5年を希望して1年が許可された場合は、1年の区分の手数料となります。

オンライン申請でも手数料納付書と収入印紙が必要ですか？

2026年10月1日以降にオンラインで申請した手続は、コンビニ決済または銀行決済へ変更されます。従来の収入印紙による納付ではありません。決済案内メールを確認して支払います。

クレジットカードやQRコードで支払えますか？

出入国在留管理庁の案内では、クレジットカード決済とQRコード決済には対応していません。コンビニ決済または銀行決済を利用します。

在留資格認定証明書交付申請にも同じ手数料がかかりますか？

在留資格認定証明書（海外にいる外国人を日本へ呼び寄せる際に、予定する活動が在留資格の条件に合うことを事前確認する証明書）交付申請は、今回説明した在留資格変更許可・在留期間更新許可の許可手数料とは別に整理されます。海外から外国人を呼び寄せる認定申請と、日本国内で行う変更・更新を混同しないようにしてください。

行政書士へ支払う費用もこの金額に含まれますか？

含まれません。表の金額は国へ納付する法定手数料です。行政書士に申請取次や書類作成を依頼する場合の報酬、証明書の取得費、翻訳費、郵送費などは別途となります。

収入印紙は先に買っておいた方がよいですか？

改定後は許可期間によって金額が異なるため、結果を確認する前に購入することはおすすめしません。入管からの案内と許可期間を確認し、必要額を間違えないように準備してください。

奈良総合事務所の国際業務サポート

行政書士法人奈良総合事務所では、奈良県の企業・外国人の方をはじめ、全国から在留資格に関するご相談を受け付けています。技術・人文知識・国際業務、経営・管理、特定技能、家族滞在、配偶者に関する在留資格など、現在の状況と今後の活動内容を確認したうえで、必要な申請を整理します。

オンライン申請を利用すれば、申請人本人や企業担当者が入管窓口へ出向く負担を抑えられる場合があります。2026年10月1日以降はオンライン申請の手数料本体が窓口申請より低く設定されているため、対象となる手続では費用面の差も生じます。

ただし、減額措置を希望する場合はオンライン申請が利用できないなど、状況によって窓口申請を選ぶ必要があります。また、転職後の職務内容が現在の在留資格に合っているか、更新前に勤務状況や納税資料をどう整えるかといった点は、手数料の納付方法とは別に確認が必要です。

「10月1日前後のどちらの手数料になるか分からない」「会社で複数名の更新予定を整理したい」「オンライン申請を依頼したい」「変更申請と更新申請のどちらが必要か判断できない」という段階からご相談ください。申請の種類、在留期限、必要資料、申請方法、許可後の受取まで一貫してご案内します。

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