会社売却で使えるM&A補助金｜売り手の仲介手数料・成功報酬・必要書類

後継者不在などを理由に会社・事業を譲り渡す中小企業等は、専門家活用枠の売り手支援類型を検討できます。仲介手数料やFA（M&Aで一方の当事者だけを支援するファイナンシャル・アドバイザー）費用を申請する場合、契約時期、登録支援機関（特定技能1号の外国人に必要な支援を、受入れ企業から委託されて行う登録事業者）、共同申請、相見積（同じ条件について複数の事業者から見積書を取り、価格や内容を比較すること）の確認が欠かせません。

売り手支援類型の補助率と上限

補助下限は50万円、通常上限は600万円です。補助率は申請者の要件により2分の1または3分の2以内です。DD（M&Aの前に対象企業の財務・法務・事業等を調べるデュー・ディリジェンス）費用300万円、廃業費200万円の上乗せは、それぞれの条件を満たす場合に限られます。

小規模事業者等に該当する売り手は、小規模売り手支援類型も比較します。上限だけでなく、未成立時の扱いと対象経費が異なります。

株主が売り手になる場合の申請者

株式譲渡では、会社ではなく株主が譲渡当事者になります。支配株主または株主代表が申請する場合、対象会社との共同申請が必要となるケースがあります。仲介契約者、請求先、報酬支払者を申請主体と一致させます。

成功報酬の算定式を確認する

レーマン方式でも、株式価値、企業価値、移動総資産など料率を掛ける基礎が異なります。最低報酬、着手金、中間金、月額費用、解除費用も含め、補助対象と自己負担を分けます。

M&Aが成立しなかった場合

補助事業期間内にクロージング（M&A契約に基づき、株式や事業の引渡しと代金決済を完了すること）しなければ、通常の専門家活用枠では上限300万円へ変更され、原則DD費用のみが対象です。着手金や月額費用が当然に残るとは限りません。不成立時の支払義務を仲介契約で確認します。

契約・支払を期間内にそろえる

専門家契約、基本合意、最終契約、成功報酬支払が補助事業期間内に収まるよう逆算します。最終契約が期間内でも、成功報酬の請求・支払が期間後なら対象外になり得ます。

売り手が準備する資料

株主名簿、登記、決算・申告、仲介契約、見積・相見積、企業概要書、基本合意書、最終契約書、報酬請求書、振込記録を整理します。秘密保持の対象資料と実績報告（補助事業の実施内容と支出証拠を事務局へ提出する手続）へ提出する資料を分け、必要に応じてマスキングします。

専門家契約を締結する前の確認

補助金を使うFA・仲介費用は、M&A（企業や事業の合併・買収を通じて経営資源を引き継ぐ取引）支援機関登録制度に登録された機関による支援であることが必要です。提案書の会社名と登録名、契約当事者、登録番号を照合します。担当者個人が経験豊富でも、契約法人が登録されていなければ条件を満たさないことがあります。

契約書には、着手金、中間金、成功報酬、最低報酬、月額費用、算定基礎、支払時期、契約期間、解除、テール条項を明記します。中間報酬を申請する場合は、基本合意締結時に支払うことが専門家契約へ規定されているか確認します。

成功報酬を具体的に試算する

同じレーマン方式でも、株式価値、企業価値、移動総資産のどれへ料率を掛けるかで報酬は変わります。譲渡価格1億円でも、有利子負債を含む移動総資産が3億円なら計算基礎が大きくなります。見積には算定式、最低報酬、消費税を記載してもらいます。

補助金は後払いです。報酬を先に全額支払い、実績報告と確定検査後に補助金が入ります。買収代金、運転資金、専門家費用を合わせた資金繰りを作ります。

相見積の取り方

原則として2者以上から見積を取得します。単価だけでなく、候補探索、企業概要書、交渉支援、DD調整、契約支援、クロージング支援の範囲を揃えて比較します。専任契約を先に締結すると相見積を取りにくくなるため、交付決定（採択後の経費確認を経て、補助事業へ着手できることを事務局が正式に決めること）と専門家選定の順序を決めます。

選定理由書を提出すれば自由に相見積を省略できるわけではありません。公募要領（補助金の対象者、経費、期限、申請方法などを定めた公式ルール）別紙が認める例外条件へ該当するかを確認します。

実績報告で残す証拠

専門家契約、見積・相見積、基本合意書、最終契約書、請求書、振込記録、DD報告書、企業価値評価書、面談・交渉記録を保存します。成功報酬は最終契約と支払だけでなく、登録支援機関が契約どおり支援したことも成果物で示します。

売り手支援類型のFAQ

仲介手数料を会社と株主のどちらが払いますか？

契約当事者と費用負担者を申請形態に合わせます。株主代表が申請する場合の共同申請要件も確認します。

成功報酬の全額が対象ですか？

補助率・上限、対象外費用、相見積、期間内支払の確認後に確定します。採択額がそのまま交付されるとは限りません。

売却後の税務相談費は対象ですか？

通常の顧問・確定申告費用とM&A専門家費用を区分します。業務名だけでなく成果物と契約範囲で判断します。

## 関連する実務をさらに具体化

事業承継・M&A補助金は、承継前後の設備投資、M&A専門家への費用、M&A後のPMI（M&A成立後に、経営・業務・人事・システム等を統合する取組）、廃業と再挑戦を支援する国の制度です。2026年10月20日現在、16次公募は2026年10月2日から11月6日17時まで受け付けられています。

売り手支援類型で最初に押さえるポイント

後継者不在の売り手は、譲渡目的、従業員・取引先の維持、仲介契約と費用発生時期を整理します。M&Aが成立しない場合の上限変更も想定します。

国の制度には事業承継促進枠、専門家活用枠、PMI推進枠、廃業・再チャレンジ枠があります。経費の名前だけで枠を選ばず、誰が、いつ、どの方法で承継し、何のために支払うかで判断します。

具体例

奈良県内の会社が後継者へ経営を引き継ぎ、老朽設備を更新する場合は、承継日と設備の交付決定後発注が両立する工程を作ります。第三者M&Aで仲介会社へ依頼する場合は、売り手・買い手、契約類型、登録支援機関、着手金・中間金・成功報酬の発生日を整理します。M&A後のシステム統合なら、専門家活用枠ではなくPMI推進枠が適切かを検討します。

16次公募のスケジュール

公募回ごとに要件・上限・様式が変わるため、過去記事の数字をそのまま使わず16次の該当枠公募要領で確認します。

申請前に整理する情報

申請者、承継相手、承継方法、契約予定日、経費を支払う主体、補助事業完了予定日を一枚の工程表にします。株式譲渡、事業譲渡、親族内承継、従業員承継では必要資料と申請枠が異なります。

対象可否を判断する順番

第一に申請者が中小企業者等の要件を満たすか、第二に予定する承継・M&Aが該当枠の対象となるか、第三に支出予定の費用が対象経費か、第四に全工程を補助事業期間内に完了できるかを確認します。いずれか一つだけ満たしても申請できません。

M&Aの場合は、株式譲渡か事業譲渡か、最終契約前か成立後か、売り手と買い手のどちらが費用を負担するかを確認します。親族内・従業員承継では、代表者交代だけでなく、経営権の移転と承継後の取組を資料で説明できる状態にします。

経費を見積書へ落とす方法

見積書の「コンサルティング一式」「システム一式」だけでは、必要性と対象範囲を判断しにくくなります。業務名、実施期間、作業工程、担当者、成果物、数量、単価を分けます。

申請時の見積と実際の契約が変わる場合は、契約前に変更承認等の要否を確認します。値引きや支払先変更であっても、報告時に説明できる記録を残します。

申請資料の実務チェックリスト

• GビズIDプライムの利用準備
• 直近決算書・確定申告書
• 法人登記、株主・役員情報
• 承継当事者と関係性が分かる資料
• M&A契約、基本合意、仲介契約等の予定
• 補助対象経費の見積書・相見積
• 資金調達と立替資金の計画
• 承継前後の組織図・従業員数
• 売上、粗利、付加価値額等の数値計画
• 設備・専門家業務の必要性と成果物

書類の名称だけをそろえるのではなく、申請フォームの数字、決算書、見積書、事業計画で金額と日付を一致させます。

交付決定後の管理表

補助対象経費（補助金の計算対象として公募要領で認められた支出）ごとに「交付決定額、契約日、発注日、納品日、検収日、請求日、支払日、証拠ファイル名」を一覧化します。銀行振込の名義と申請者が異なる場合、クレジットカードの引落しが事業期間後になる場合、複数案件が一枚の請求書に混在する場合は、支払前に事務局へ確認します。

成果物は最終版だけでなく、納品メール、会議記録、検収書も保管します。専門家業務では報告書の内容が契約した業務範囲と対応しているか、設備では型番・設置場所・稼働状況が分かる写真を残します。

補助金を前提にM&A日程を組む際の注意

補助金は後払いです。採択されても交付決定まで契約できない経費があり、審査や補正に要する期間も確定ではありません。M&Aの基本合意、独占交渉期間、融資実行、クロージング期限が先に固定されている場合、補助金の工程と両立するかを契約前に検証します。

補助金が不採択または対象外になってもM&Aを実行するのか、経費を縮小するのか、自己資金で全額負担するのかを決めておくと、相手方との交渉が補助金結果だけで停止することを防げます。

申請から補助金入金までの流れ

1. GビズIDと申請資料を準備する
2. Jグランツで公募申請する
3. 採択結果を確認する
4. 交付申請を行い、交付決定を受ける
5. 交付決定後に契約・発注する
6. 補助事業期間内に納品・検収・支払を完了する
7. 証拠書類と成果物を添えて実績報告する
8. 確定検査と補正へ対応する
9. 補助金額確定後に請求し、入金を受ける

採択だけでは補助対象経費を発注できません。交付決定前の契約・発注・支払を避け、実績報告で追跡できるよう、見積から振込まで同じ案件名・金額で管理します。

実績報告で必要になる証拠

見積書、相見積、契約書、発注書、納品書、検収記録、請求書、銀行振込記録、成果物を経費ごとにひも付けます。現金払いや相殺、補助対象外経費との一括請求は確認が難しくなるため、支払前に処理方法を決めます。

計画変更、支払先変更、金額の大幅変更、事業期間内に完了できない見込みが出た場合は、実施後ではなく事前に変更承認等の要否を確認します。

よくある失敗

• GビズIDの取得を締切直前に始める
• 採択通知後、交付決定前に契約する
• M&A契約の当事者と経費の支払者が一致しない
• 見積書の「業務一式」で内容を説明できない
• 成果物や検収記録を残していない
• 補助金入金までの立替資金を確保していない
• 変更を事後報告で済ませようとする

奈良総合事務所が支援できること

行政書士法人奈良総合事務所では、対象枠の整理、申請スケジュール、必要書類、事業計画、電子申請、採択後の交付申請、実績報告まで一貫して支援します。M&A契約や税務・法務の専門判断が必要な部分は、関係専門家と役割を分けて進めます。

無料相談・お問い合わせ

実務詳説｜売り手支援類型で最初に押さえるポイント

後継者不在の売り手は、譲渡目的、従業員・取引先の維持、仲介契約と費用発生時期を整理します。M&Aが成立しない場合の上限変更も想定します。

登録支援機関で最初に押さえるポイント

仲介・FA費用を対象にする場合、契約先がM&A支援機関登録制度の登録機関か、契約締結日・業務範囲・手数料体系を契約前に確認します。

成功報酬で最初に押さえるポイント

着手金、中間金、成功報酬は名称だけで判断できません。契約、役務提供、M&A成立、請求、支払が補助事業期間内かを時系列で確認します。

専門家費用が対象になる契約時期

FA・M&A仲介の中間報酬や成功報酬を対象にするには、専門家との委託契約、相手方との基本合意・最終契約、報酬支払の順序と時期を公募要領へ合わせます。原則として、専門家契約、最終契約、成功報酬支払が補助事業期間内に収まる必要があります。意向表明書は基本合意書の代わりにはなりません。

FA・M&A仲介費用は、M&A支援機関登録制度へ登録されたFA・仲介業者によるものに限られます。契約先の商号と登録名、登録番号、担当業務を契約前に照合します。弁護士、会計士等によるDDなど、費目によって登録制度の扱いが異なるため、委託内容を一式表示にしないことが重要です。

相見積を理由書だけで省略しない

原則として2者以上の相見積が必要です。選定理由書や関与専門家選定理由書を提出しても、公募要領別紙に定める例外条件へ該当しなければ相見積の代替にはなりません。相見積不足は、採択後でも対象経費の減額につながります。

実績報告で残す証拠書類

経費ごとに、見積、相見積、契約、発注、納品、検収、請求、振込、成果物を一つのフォルダへ保存します。銀行振込記録には支払元、支払先、日付、金額が必要です。カード決済は利用日だけでなく引落日が事業期間内かを確認します。

専門家業務では最終報告書、面談記録、助言資料を残します。設備は型番が読める写真、設置場所、稼働状況、固定資産台帳との対応を残します。ウェブやシステムは画面、仕様書、検収記録、公開日を保存します。補助対象外費用と一括請求された場合は、対象額を明確に区分できる内訳が必要です。

資金繰りと補助金の後払い

補助金は原則として後払いです。専門家費用や設備代金を先に全額支払い、実績報告・確定検査後に補助金が入ります。採択額を入金日から逆算して使うのではなく、自己資金や融資で立替可能か確認します。

M&Aでは株式取得代金、運転資金、専門家費用、設備投資が同時期に発生します。補助対象外の株式取得代金等と補助対象経費を区分し、消費税、源泉徴収、振込手数料の扱いも資金表へ反映します。

従業員と取引先への説明計画

承継計画では、誰に、いつ、誰が説明するかを決めます。発表が早すぎれば情報漏えい、遅すぎれば従業員離職や取引先の不信につながります。最終契約前、契約後、クロージング日、初出社日に分けてメッセージを作ります。

従業員には雇用主、労働条件、勤務地、指揮命令、給与支払日、社会保険がどうなるかを具体的に伝えます。取引先には契約当事者、請求先、振込先、担当者、既存契約の継続を示します。この実行体制は、事業承継後の継続性を説明する材料にもなります。

不採択・減額へ備える代替計画

補助金は申請すれば必ず受け取れるものではありません。不採択でも承継を進める経費、延期する投資、規模を縮小する項目を事前に分けます。採択後も交付申請や確定検査で対象経費が減る可能性があります。

補助率を掛けた金額をそのまま受取額として資金繰りへ入れず、対象外経費、消費税、上限、端数、減額リスクを反映した保守的な金額で管理します。融資担当者には補助金入金時期が確定していないことを共有します。

公募締切前の最終点検

申請者名、法人番号、代表者、所在地、決算期を登記・決算書と照合します。添付ファイル名に版数を入れ、古い見積や差替え前の計画を添付しないようにします。申請フォームを一度PDF等で確認し、未入力、文字切れ、単位誤り、税抜・税込の混在を点検します。

締切直前はアクセス集中やGビズID（法人・個人事業主が複数の行政サービスへログインするための共通認証アカウント）の問題が起こり得ます。社内承認と専門家確認の期限を公募締切より前に設定し、送信完了画面と申請番号を保存します。提出後に修正できると決めつけず、最終版を確定してから送信します。

相談時に用意すると確認が早い資料

現在の会社案内、直近2〜3期の決算書、株主・役員一覧、組織図、承継候補者の経歴、M&A支援会社の提案書、見積書、基本合意書、設備カタログ、資金繰り表を用意します。全資料がそろっていなくても、未確定項目を一覧にすれば準備の優先順位を決められます。

初回相談では「補助金がいくら出るか」だけでなく、交付決定まで待てる経費か、M&Aの契約日を動かせるか、補助金なしでも承継するかを確認します。この判断が、使う枠と申請スケジュールの出発点になります。

売り手の具体例｜株式譲渡で仲介会社を利用する会社

奈良県内の製造会社を株式譲渡するケースを想定します。株主である代表者が仲介会社と契約し、対象会社と共同申請を行います。着手金50万円、中間報酬100万円、成功報酬500万円を予定する場合、各支払が何を条件に発生するかを契約書で確認します。

基本合意締結時の中間報酬を申請するなら、専門家契約に中間報酬の定めがあり、基本合意書と支払が補助事業期間内にある必要があります。成功報酬も最終契約だけでなく、クロージングと支払期限を期間内に置きます。

譲渡価格が交渉で変わる場合は成功報酬も変動します。申請時の想定報酬、最終報酬、補助上限、消費税を資金表で分けます。株主が負担する費用と会社が負担する費用を混在させず、請求書と振込元を申請内容へ合わせます。

売り手が確認する最終チェック

• 仲介会社がM&A支援機関登録制度へ登録されている
• 相見積の支援範囲と成功報酬算定基準がそろっている
• 株主・対象会社の共同申請要否を確認した
• 基本合意・最終契約・支払が期間内に完了する
• 未成立時の最低報酬と自己負担を把握している
• 譲渡対価と専門家費用を区分している

譲渡後に請求される追加報酬やアーンアウト連動報酬がある場合は、補助事業期間内の支払要件との関係を契約前に確認します。譲渡所得・法人税の申告費用とM&A支援報酬も請求書で明確に分けてください。

奈良総合事務所への相談

行政書士法人奈良総合事務所では、奈良県を中心に全国から事業承継・M&A補助金のご相談をオンラインで受け付けています。申請枠の判定、必要書類、事業計画、Jグランツ（国や自治体の補助金をオンラインで申請する電子申請システム）申請、採択後の交付申請、実績報告まで一貫して支援します。

無料相談・お問い合わせ

コラム一覧へ戻る