M&A買い手の補助金｜仲介・FA・DD費用と600万円上限を具体解説

会社や事業を譲り受ける中小企業等は、専門家活用枠の買い手支援類型を検討できます。対象は買収代金そのものではなく、M&A（企業や事業の合併・買収を通じて経営資源を引き継ぐ取引）を進めるための仲介、FA（M&Aで一方の当事者だけを支援するファイナンシャル・アドバイザー）、デューデリジェンス等の専門家費用です。

買い手支援類型の金額

補助率は3分の2以内、補助下限50万円、通常上限600万円です。一定のDD（M&Aの前に対象企業の財務・法務・事業等を調べるデュー・ディリジェンス）費用は300万円、廃業費は200万円まで上乗せされる場合があります。未成立時は上限300万円へ変更され、原則としてDD費用のみが対象になります。

対象になり得る専門家費用

M&A仲介、FA、財務・税務・法務・労務DD、企業価値評価等を、契約内容と費目に応じて確認します。株式取得代金、事業譲渡代金、買収後の通常顧問料は対象経費と分けます。

FA・M&A仲介費用は、M&A支援機関登録制度の登録機関による支援に限られます。契約前に登録番号、法人名、担当業務を確認します。

契約時期が最重要

専門家との委託契約、基本合意、最終契約、報酬支払を補助事業期間内で行う必要があります。採択前や交付決定（採択後の経費確認を経て、補助事業へ着手できることを事務局が正式に決めること）前に仲介契約を締結すると、後の成功報酬まで対象外になる可能性があります。

中間報酬を申請する場合は、専門家契約に基本合意締結時の中間報酬が定められ、補助事業期間内に基本合意を締結して支払います。意向表明書は基本合意書の代わりになりません。

DD費用の見積を具体化する

財務DD、税務DD、法務DD、労務DDの調査範囲、対象期間、成果物、担当者、報酬を分けます。「DD一式」では妥当性を確認しにくくなります。最終報告書、論点一覧、面談記録を実績報告（補助事業の実施内容と支出証拠を事務局へ提出する手続）の証拠として保存します。

相見積のルール

原則2者以上から見積を取得します。単に従来から取引がある、担当者を信頼しているという理由書だけでは、相見積（同じ条件について複数の事業者から見積書を取り、価格や内容を比較すること）の代替になりません。公募要領（補助金の対象者、経費、期限、申請方法などを定めた公式ルール）別紙の例外条件に該当するか確認します。

単なる不動産売買は対象外

空き家、賃貸物件、不動産だけの売買は、経営資源の引継ぎとして認められません。事業譲渡では、従業員、顧客、取引契約、設備、営業権等の移転を最終契約書で特定します。

100億企業特例との違い

将来の売上高100億円を目指す買い手は、100億企業特例を検討できます。上限2,000万円で、1,000万円以下の部分は2分の1、1,000万円超2,000万円以下は3分の1以内です。通常の買い手支援類型と同一公募回へ重複申請できません。

専門家契約を締結する前の確認

補助金を使うFA・仲介費用は、M&A支援機関登録制度に登録された機関による支援であることが必要です。提案書の会社名と登録名、契約当事者、登録番号を照合します。担当者個人が経験豊富でも、契約法人が登録されていなければ条件を満たさないことがあります。

契約書には、着手金、中間金、成功報酬、最低報酬、月額費用、算定基礎、支払時期、契約期間、解除、テール条項を明記します。中間報酬を申請する場合は、基本合意締結時に支払うことが専門家契約へ規定されているか確認します。

成功報酬を具体的に試算する

同じレーマン方式でも、株式価値、企業価値、移動総資産のどれへ料率を掛けるかで報酬は変わります。譲渡価格1億円でも、有利子負債を含む移動総資産が3億円なら計算基礎が大きくなります。見積には算定式、最低報酬、消費税を記載してもらいます。

補助金は後払いです。報酬を先に全額支払い、実績報告と確定検査後に補助金が入ります。買収代金、運転資金、専門家費用を合わせた資金繰りを作ります。

相見積の取り方

原則として2者以上から見積を取得します。単価だけでなく、候補探索、企業概要書、交渉支援、DD調整、契約支援、クロージング（M&A契約に基づき、株式や事業の引渡しと代金決済を完了すること）支援の範囲を揃えて比較します。専任契約を先に締結すると相見積を取りにくくなるため、交付決定と専門家選定の順序を決めます。

選定理由書を提出すれば自由に相見積を省略できるわけではありません。公募要領別紙が認める例外条件へ該当するかを確認します。

実績報告で残す証拠

専門家契約、見積・相見積、基本合意書、最終契約書、請求書、振込記録、DD報告書、企業価値評価書、面談・交渉記録を保存します。成功報酬は最終契約と支払だけでなく、登録支援機関（特定技能1号の外国人に必要な支援を、受入れ企業から委託されて行う登録事業者）が契約どおり支援したことも成果物で示します。

買い手支援類型のFAQ

買収先が決まる前でも申請できますか？

案件探索段階の申請も想定されますが、対象事業の具体性と実行可能性が必要です。専門家契約の時期を交付決定後へ合わせます。

DDだけ申請できますか？

対象経費・事業要件を満たすDDは候補になります。未成立時も上限300万円の範囲で原則DD費用のみが認められる取扱いがあります。

買収価格は補助されますか？

株式・事業の取得対価は対象外です。専門家費用と取得代金を最終契約・請求で分けます。

## 関連する実務をさらに具体化

事業承継・M&A補助金は、承継前後の設備投資、M&A専門家への費用、M&A後のPMI（M&A成立後に、経営・業務・人事・システム等を統合する取組）、廃業と再挑戦を支援する国の制度です。2026年10月20日現在、16次公募は2026年10月2日から11月6日17時まで受け付けられています。

買い手支援類型で最初に押さえるポイント

買い手は取得後の相乗効果だけでなく、M&Aの必要性、譲受後の事業計画、専門家との契約内容、対象外となる成功報酬の扱いを公募回の要領で確認します。

国の制度には事業承継促進枠、専門家活用枠、PMI推進枠、廃業・再チャレンジ枠があります。経費の名前だけで枠を選ばず、誰が、いつ、どの方法で承継し、何のために支払うかで判断します。

具体例

奈良県内の会社が後継者へ経営を引き継ぎ、老朽設備を更新する場合は、承継日と設備の交付決定後発注が両立する工程を作ります。第三者M&Aで仲介会社へ依頼する場合は、売り手・買い手、契約類型、登録支援機関、着手金・中間金・成功報酬の発生日を整理します。M&A後のシステム統合なら、専門家活用枠ではなくPMI推進枠が適切かを検討します。

16次公募のスケジュール

公募回ごとに要件・上限・様式が変わるため、過去記事の数字をそのまま使わず16次の該当枠公募要領で確認します。

申請前に整理する情報

申請者、承継相手、承継方法、契約予定日、経費を支払う主体、補助事業完了予定日を一枚の工程表にします。株式譲渡、事業譲渡、親族内承継、従業員承継では必要資料と申請枠が異なります。

対象可否を判断する順番

第一に申請者が中小企業者等の要件を満たすか、第二に予定する承継・M&Aが該当枠の対象となるか、第三に支出予定の費用が対象経費か、第四に全工程を補助事業期間内に完了できるかを確認します。いずれか一つだけ満たしても申請できません。

M&Aの場合は、株式譲渡か事業譲渡か、最終契約前か成立後か、売り手と買い手のどちらが費用を負担するかを確認します。親族内・従業員承継では、代表者交代だけでなく、経営権の移転と承継後の取組を資料で説明できる状態にします。

経費を見積書へ落とす方法

見積書の「コンサルティング一式」「システム一式」だけでは、必要性と対象範囲を判断しにくくなります。業務名、実施期間、作業工程、担当者、成果物、数量、単価を分けます。

申請時の見積と実際の契約が変わる場合は、契約前に変更承認等の要否を確認します。値引きや支払先変更であっても、報告時に説明できる記録を残します。

申請資料の実務チェックリスト

• GビズIDプライムの利用準備
• 直近決算書・確定申告書
• 法人登記、株主・役員情報
• 承継当事者と関係性が分かる資料
• M&A契約、基本合意、仲介契約等の予定
• 補助対象経費の見積書・相見積
• 資金調達と立替資金の計画
• 承継前後の組織図・従業員数
• 売上、粗利、付加価値額等の数値計画
• 設備・専門家業務の必要性と成果物

書類の名称だけをそろえるのではなく、申請フォームの数字、決算書、見積書、事業計画で金額と日付を一致させます。

交付決定後の管理表

補助対象経費（補助金の計算対象として公募要領で認められた支出）ごとに「交付決定額、契約日、発注日、納品日、検収日、請求日、支払日、証拠ファイル名」を一覧化します。銀行振込の名義と申請者が異なる場合、クレジットカードの引落しが事業期間後になる場合、複数案件が一枚の請求書に混在する場合は、支払前に事務局へ確認します。

成果物は最終版だけでなく、納品メール、会議記録、検収書も保管します。専門家業務では報告書の内容が契約した業務範囲と対応しているか、設備では型番・設置場所・稼働状況が分かる写真を残します。

補助金を前提にM&A日程を組む際の注意

補助金は後払いです。採択されても交付決定まで契約できない経費があり、審査や補正に要する期間も確定ではありません。M&Aの基本合意、独占交渉期間、融資実行、クロージング期限が先に固定されている場合、補助金の工程と両立するかを契約前に検証します。

補助金が不採択または対象外になってもM&Aを実行するのか、経費を縮小するのか、自己資金で全額負担するのかを決めておくと、相手方との交渉が補助金結果だけで停止することを防げます。

申請から補助金入金までの流れ

1. GビズIDと申請資料を準備する
2. Jグランツで公募申請する
3. 採択結果を確認する
4. 交付申請を行い、交付決定を受ける
5. 交付決定後に契約・発注する
6. 補助事業期間内に納品・検収・支払を完了する
7. 証拠書類と成果物を添えて実績報告する
8. 確定検査と補正へ対応する
9. 補助金額確定後に請求し、入金を受ける

採択だけでは補助対象経費を発注できません。交付決定前の契約・発注・支払を避け、実績報告で追跡できるよう、見積から振込まで同じ案件名・金額で管理します。

実績報告で必要になる証拠

見積書、相見積、契約書、発注書、納品書、検収記録、請求書、銀行振込記録、成果物を経費ごとにひも付けます。現金払いや相殺、補助対象外経費との一括請求は確認が難しくなるため、支払前に処理方法を決めます。

計画変更、支払先変更、金額の大幅変更、事業期間内に完了できない見込みが出た場合は、実施後ではなく事前に変更承認等の要否を確認します。

よくある失敗

• GビズIDの取得を締切直前に始める
• 採択通知後、交付決定前に契約する
• M&A契約の当事者と経費の支払者が一致しない
• 見積書の「業務一式」で内容を説明できない
• 成果物や検収記録を残していない
• 補助金入金までの立替資金を確保していない
• 変更を事後報告で済ませようとする

奈良総合事務所が支援できること

行政書士法人奈良総合事務所では、対象枠の整理、申請スケジュール、必要書類、事業計画、電子申請、採択後の交付申請、実績報告まで一貫して支援します。M&A契約や税務・法務の専門判断が必要な部分は、関係専門家と役割を分けて進めます。

無料相談・お問い合わせ

制度を選ぶ前に作る「承継工程表」

補助金の検討は、費用の見積からではなく承継工程から始めます。申請者、相手方、承継方法、基本合意、最終契約、クロージング、代表者変更、設備導入、支払、実績報告を一枚に並べます。株式譲渡なら株主が変わり、事業譲渡なら資産・契約・許認可を個別に移すため、同じM&Aでも必要資料と実行期間が異なります。

承継日を先に固定してから補助金へ合わせようとすると、交付決定前の契約や事業期間外の支払が生じます。補助金を使う経費と、M&Aを予定どおり進めるため自己資金で負担する経費を最初から分けます。

申請から入金までの全工程

1. GビズIDプライムを準備する
2. 公募要領、FAQ、申請フォームを確認する
3. 承継関係資料、決算、見積、事業計画を作成する
4. Jグランツで公募申請する
5. 採択結果を確認する
6. 採択後に交付申請を行う
7. 交付決定通知を受ける
8. 交付決定後に契約・発注する
9. 補助事業期間内に納品・検収・支払を完了する
10. 実績報告を提出し、補正と確定検査へ対応する
11. 補助金額の確定後に請求する
12. 入金後の事業化状況報告等を管理する

採択通知は事業計画が採択された通知であり、発注許可ではありません。交付申請で見積や経費内容が確認され、交付決定後に初めて対象経費へ着手します。契約書の日付だけを交付決定後にしても、先に口頭発注、申込金支払、作業開始をしていれば対象外となる可能性があります。

第16次公募の日程

2026年10月20日時点の公式サイトでは、公募申請は2026年10月2日から11月6日17時まで、採択は12月下旬以降順次とされています。交付申請は2027年1月上旬から11月中旬、交付決定は2027年1月下旬以降、事業実施は交付決定から2028年3月中旬、実績報告は2027年6月上旬から2028年3月下旬の予定です。

予定日は変更される可能性があります。自社の契約期限、融資実行、クロージング、設備納期を公式日程と照合し、締切当日の申請を避けます。

見積書と契約書を「一式」にしない

見積書は業務名、作業工程、期間、担当者、数量、単価、成果物を分けます。仲介費用なら着手金・中間金・成功報酬と算定基準、DDなら財務・法務・税務・労務等の調査範囲、PMIなら現状分析・統合計画・会議支援、設備なら型番・数量・設置費を明示します。

「M&A支援一式」「コンサルティング一式」では対象範囲を確認できません。契約書、見積書、請求書、成果物の業務名を一致させます。申請時と契約時で支払先や内容が変わる場合は、契約前に変更承認等の要否を確認します。

M&A専門家との契約で確認する条項

仲介契約やFA契約では、専任・非専任、契約期間、自動更新、直接交渉の禁止、秘密保持、着手金、中間金、成功報酬、最低報酬、解除時の費用を確認します。補助金に申請するからという理由だけで契約時期を動かせない場合もあるため、交付決定前着手との関係を契約前に整理します。

成功報酬は、どの金額へ料率を乗じるか、負債を含む移動総資産基準か、株式価値基準かで大きく変わります。見積書には算定式と想定金額を記載してもらい、最終譲渡価格が変わった場合の補助金額への影響を試算します。

仲介会社が売り手と買い手の双方から報酬を得る仲介か、一方当事者だけを支援するFAかも確認します。支援機関登録の法人名、登録番号、実際の契約名義が一致しているかを調べます。

DDを実施する場合の成果物

財務DDでは売上・粗利の実在性、正常収益力、運転資本、有利子負債、簿外債務を調べます。税務DDでは申告、税務調査、繰越欠損金、組織再編上の論点を確認します。法務DDでは株式、重要契約、訴訟、許認可、知的財産を確認し、労務DDでは雇用契約、未払残業、社会保険、労使協定等を調べます。

報告書には調査対象、対象期間、受領資料、発見事項、重要度、対応案が必要です。「DD実施済み」という一枚だけでは、契約した業務の完了を説明できません。個人情報や営業秘密を含むため、実績報告用の提出範囲とマスキング方法も事前に確認します。

株式譲渡と事業譲渡で変わる確認資料

株式譲渡では対象会社の法人格、契約、許認可、従業員関係が原則として会社に残ったまま株主が変わります。申請では株主構成、譲渡株式数、譲渡前後の議決権、最終契約日、クロージング日を整理します。買い手が対象会社の株主から株式を取得するため、補助金申請者と仲介・DD費用の契約者、請求先、支払元が一致しているか確認します。

事業譲渡では、譲渡対象の設備、在庫、顧客契約、従業員、知的財産、許認可を個別に特定します。何を引き継ぎ、何を売り手へ残すかが曖昧だと、承継の実態と補助対象事業の説明が一致しません。譲受会社が設備を新設する場合も、譲渡対象資産の取得対価と、新たに発注する補助対象設備を区分します。

実務詳説｜単なる不動産売買は対象外

不動産売買契約だけを締結する案件、空き家や賃貸物件だけの売買、株式・事業・営業権を伴わない賃借権だけの譲渡などは、経営資源の引継ぎとは認められません。事業譲渡を選ぶ場合は、従業員、顧客、取引契約、設備、ノウハウ等がどう移るかを最終契約書で特定します。

M&Aが成立しなかった場合の上限変更

通常の専門家活用枠で補助事業期間内にクロージングしなかった場合、補助上限は300万円へ変更され、原則としてDD費用のみが対象になります。100億企業特例も未成立時は上限300万円へ変更されます。

小規模売り手支援類型では、未成立時の上限は50万円となり、着手金、システム利用料、DD費用が対象となり得ます。成立を前提とした成功報酬を満額受け取れるわけではないため、未成立時の自己負担を資金計画に入れます。

申請担当者が作る証拠番号表

実績報告を想定し、申請時から経費へ番号を付けます。たとえば「E01＝FA着手金」「E02＝財務DD」「E03＝設備本体」のようにし、見積、契約、発注、納品、請求、振込、成果物のファイル名を同じ番号で統一します。請求額が見積から変わった場合は、変更理由と承認記録を番号表へ記載します。

複数の支払を合算する場合は、どの請求書へいくら支払ったかを振込明細と対応させます。振込手数料が差し引かれた場合、対象額との不一致を説明できるようにします。ネットバンキング画面は予約画面だけでなく、実際に振込が完了した記録を保存します。

個人情報と機密資料の管理

M&A資料には従業員名簿、給与、取引先、契約、財務情報が含まれます。共有フォルダの権限を案件担当者へ限定し、外部専門家とは秘密保持契約を結びます。実績報告へ成果物を提出するときは、事務局が必要とする確認内容を残しつつ、個人番号や不要な個人情報を除きます。

資料の受渡し、版管理、削除期限を決め、メール添付だけに依存しません。買い手候補が複数いる段階と、独占交渉後では開示範囲を分けます。

奈良総合事務所への相談

行政書士法人奈良総合事務所では、奈良県を中心に全国から事業承継・M&A補助金のご相談をオンラインで受け付けています。申請枠の判定、必要書類、事業計画、Jグランツ（国や自治体の補助金をオンラインで申請する電子申請システム）申請、採択後の交付申請、実績報告まで一貫して支援します。

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